課程資訊
課程名稱
基因體與系統生物學
Genome and Systems Biology 
開課學期
108-1 
授課對象
生命科學院  基因體與系統生物學學位學程  
授課教師
丁照棣 
課號
GenSys5004 
課程識別碼
B48 U0120 
班次
 
學分
4.0 
全/半年
半年 
必/選修
必修 
上課時間
星期二6,7(13:20~15:10)星期四6,7(13:20~15:10) 
上課地點
生科3A生科3A 
備註
與王弘毅、詹世鵬、曾宇鳳、鄭貽生、李士傑、張典顯、黃明經、許昭萍、高承福、施純傑、蔡怡陞、陳柏仰合授
總人數上限:40人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1081GenSys5004_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用。課程的規劃分為三部份:第一部份以基因體生物學入手,介紹基因的運作模式與基因體的內涵,並引進基礎細胞生物學概念,以模式生物為實例,介紹功能性基因體學。第二部份則介紹如何進行大規模生物材料及其數據的收集和處理,含蓋蛋白質體修飾的動力學、蛋白質體學、 代謝體學 以及生物影像擷取與分析,強調實驗的研究方法與設計、統計分計、與分析結果的解讀及其在生物學的意義。第三部份在介紹統計學、化學動力學與計算生物學的概念與工具,強調如何分析以及整合數據來建立出計算模型或生物分子的動態網路。 

課程目標
本課程旨在介紹基因體生物學與系統生物學領域的重要基礎知識、觀念與研究工具,讓同學瞭解該領域必備的知識與各工具間的整合運用 
課程要求
大四(含)以上 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第9週
11/05,11/7  Midterm week 
第18週
01/07  曾宇鳳(台大生科院3A)
Metabolomics 
第1-1週
9/10  張典顯(分生所123教室)
Definition, concepts, and scientific challenges 
第1-2週
9/12  蔡怡陞 (分生所N401教室)
Introduction to Bioinformatics 
第2-1週
9/17  調課 
第2-2週
9/18  張典顯(分生所123教室) (9:10-11:10)
Yeast as a model system for modern scientific inquiries 
第2-3週
9/19  施純傑(分生所N401教室)
Sequence alignment 
第3-1週
9/24  王弘毅(台大生科院3A)
Genomics  
第3-2週
9/26  施純傑(分生所N401教室)
Phylogenetic tree construction 
第4-1週
10/01  王弘毅(台大生科院3A)
Genomics  
第4-2週
10/03  高承福(分生所N401教室)
Epigenetic regulation (Chromatin structure)  
第5-1週
10/08  王弘毅(台大生科院3A)
Genomics  
第5-2週
10/10  國慶日(停課) 
第6-1週
10/15  蔡怡陞(分生所123教室)
Amplicon sequencing and metagenomics 
第6-2週
10/17  蔡怡陞(分生所N401教室)
Introduction to transcriptomics 
第7-1週
10/22  陳柏仰(分生所123教室)
Profiling genome wide DNA methylation 
第7-2週
10/24  高承福(細生所R208教室)
Transcription factor binding analysis (ChIP-seq and DAP-seq)  
第8-1週
10/29  李士傑(台大生科院3A)
Transcriptomics  
第8-2週
10/31  陳柏仰(分生所N401教室)
Analysis of DNA methylation 
第10-1週
11/12  詹世鵬(台大生科院3A)
non-coding RNAs  
第10-2週
11/14  李文雄(分生所N401教室)
Gene regulatory network 
第11-1週
11/19  李士傑(台大生科院3A)
Transcriptomics 
第11-2週
11/21  黃明經(分生所N401教室)
Enrichment Analysis  
第12-1週
11/26  鄭貽生(台大生科院3A)
Proteomics 
第12-2週
11/28  黃明經(分生所N401教室)
Structural Biology & Molecular Modeling 
第13-1週
12/03  鄭貽生(台大生科院3A)
Proteomics  
第13-2週
12/05  許昭萍(台大生科院3A)
Dynamics in systems (1) 
第14-1週
12/10  鄭貽生(台大生科院3A)
Proteomics 
第14-2週
12/12  許昭萍(台大生科院3A)
Dynamics in systems (2) 
第15-1週
12/17  調課 
第15-2週
12/19  許昭萍(分生所N401教室)
Dynamics in systems (3) 
第16-1週
12/24  調課 
第16-2週
12/26  許昭萍(分生所N401教室)
Modeling and simulation (1) 
第17-1週
12/31  曾宇鳳(台大生科院3A)
Metabolomics 
第17-2週
01/02  許昭萍(分生所N401教室)
Modeling and simulation (2)